Vacaciones generadas en una baja

Buenas tardes. He estado 21 meses de baja por enfermedad comun y luego me he incorporado al trabajo, desde agosto 2018 a mayo 2020. Se propuso una invalidez alcazar el tribunal a los 18 meses y 3 meses después, en mayo la denegaron.En la empresa cuando me dieron el alta me dijeron que cogiese las vacaciones en septiembre y yo acepté. Ahora me dicen que solo me corresponden vacaciones por los primeros 12 meses de baja, que los últimos 6 meses como me pagaba la mutua , pasé a pago directo, no me corresponden vacaciones. Me dicen que el periodo de los 18 a los 21 meses que era esperando la calificación, no genera vacaciones y que desde los 12 a los 18 tampoco, es correcto?