ITP Alquiler vivienda Comunidad de Madrid

es sobre la deducción del alquiler de la vivienda en la renta del 2018 de la Comunidad de Madrid
Se hizo la declaración y se puso la deducción de la vivienda, pero ahora la Agencia Tributaria le pide para poder aplicarle la deducción el pago del ITP
no se hizo el pago cuando se firmo el contrato que fue en mayo de 2017 y por lo visto, según la administración en el año 2018 era obligatorio pagar este impuesto
Mi preguntas son:
¿Se puede presentar ahora el Impuesto de Transmisiones? Aunque ya han pasado tres años y mandárselo a la Agencia Tributaria para que admitan la deducción?