Baja por maternidad

Mi empresa se ha demorado en presentar los papeles para la baja por riesgo durante el embarazo, lo que me pedían a mi, los presenté en tiempo y forma, pero como la parte de la empresa lo ha hecho con demora, la mutua ha rechazado todo y ahora el medico me dice que no puede hacerme dos certificados de valoración del embarazo porque ya me lo ha hecho. Y ahora no se que hacer.